Le terme clando, « personne en situation irrégulière », est une apocope de clandestin (du latin clandestinus « qui se fait en secret »), à laquelle s’ajoute le suffixe familier -o, probablement sous l’influence du mot clodo. Par glissement à partir de l’idée de clandestinité, l’expression en vient à désigner le fait de loger discrètement chez autrui, hors des cadres administratifs.

Francisation à l’aide du suffixe verbal -er du terme flamand kot, « petit réduit, débarras », qui a donné le mot studentenkot, « chambre d’étudiant ».

Le mot vient de maquis, lui-même issu du corse macchia, « broussailles épaisses ». Pendant la Seconde Guerre mondiale, le maquis devient le symbole de la clandestinité : les résistants s’y cachent, et aller au maquis, c’est disparaître des radars.
Le terme s’est ensuite développé en Afrique francophone. D’un côté, le maquis peut désigner un lieu informel (comme un petit bar), de l’autre, il a gardé son idée centrale de cachette. Le verbe maquiser est ainsi né par extension : mettre quelqu’un au maquis c’est donc le loger en douce.
On notera l’énantiosémie du verbe. Avec le procès de maquiser, c’est la loi du maquis : le sujet peut être le fugitif… ou celui qui le planque.